Предупреждение флуда. Проще не контролировать флуд, а пресечь его появление. Для этого надо написать правила, которые обозначат, что можно, а что нельзя делать в чате, что считается флудом, а что нет. Например, прописать, что в рабочем чате можно обсуждать только рабочие задачи, а котиков, мемы и новости о политике присылать нельзя.
Модерация сообщений. Даже если есть правила, не исключено, что появится флуд. Поэтому, если это важно для эффективности процессов, надо модерировать сообщения людей. Например, когда участник в чате начинает общаться с другим пользователем на личные темы и обсуждать, где он купил телефон с титановым корпусом, нужно перевести диалог в личные сообщения. Если это не помогает, можно забанить пользователя.
Разделение чатов. Иногда флуд возникает из-за того, что людям негде высказаться и пообщаться друг с другом на общие темы. Особенно это характерно для официальных чатов, рабочих групп, где можно обсуждать только работу. Чтобы у людей было пространство для высказываний, классно создать отдельный неформальный чат, где люди будут свободно флудить.